Gegründet wurde die Stadt Kiel zwischen 1233 und 1242 von Adolf IV. von Schauenburg. 1242 erhielt es das Lübische Stadtrecht und von 1284 bis 1518 war die Stadt Mitglied in der Hanse und damit eine Hansestadt. Jedoch nutzte sie kaum die Handelsprivilegien und beteiligte sich auch kaum an gemeinsamen Aktivitäten. Dies führte dazu, dass man die Stadt 1518 aus der Hanse ausschloss.
1526 begann in der Stadt die Reformation, als ein Student Martin Luthers, der Kieler Bürgersohn Schuldorp Vikar der Stadt wurde. 1527 wurde Melchior Hofmann von König Friedrich I. nach Kiel eingeladen als Laienprediger. Hofmanns Lehre vom Abendmahl entsprach jedoch gar nicht den lutherischen Vorstellungen. So wurden er und seine Anhänger zwei Jahre später der Stadt verwiesen und Kiel bekam eine Kirchenordnung. Als Folge wurde das Franziskanerkloster aufgelöst.
Im 16. und Anfang des 17.Jahrhunderts wurden immer mehr Privilegien abgebaut. So musste nun auch Kiel dem Herzog Friedrich III. bei dessen Amtsantritt einen speziellen Huldigungseid leisten.
1665 wurde die Christian Albrechts Universität vom gleichnamigen Herzog gegründet. Am Anfang erfreute sich die Universität nur geringer Beliebtheit bei den Kieler Bürgern. Doch profitierte man schon bald auch wirtschaftlich von der Institution.
1721 hatten die Gottorfer Herzöge ihre Besitztümer an Schweden verloren und Kiel wurde für ein halbes Jahrhundert Residenz des verbliebenen Territoriums. 1728 wurde der spätere russische Zar Peter III. im Kieler Schloss geboren.
1773 überließ die Witwe von Peter III., Katharina die Große, Kiel dem dänischen König. 1803 wurde der erste botanische Garten in Kiel eingerichtet.
1806 wurde Kiel nach Ende des Römischen Reiches staatsrechtlich Teil von Dänemark. 1813 im sogenannten „Kosakenwinter“ wurde Kiel von Schweden besetzt. Ein Jahr später schloss man den Kieler Frieden. Als Folge wurde es weiter vom dänischen König regiert. Mit dem Eintritt in den Deutschen Bund 1815 gehörte es jedoch formal wieder zu Deutschland. So konnten auch Kieler Studenten 1817 am Wartburgfest teilnehmen. In den folgenden Jahren wurde Kiel zum Zentrum der Burschenschaftsbewegung.
1838 wurde Kiels erster Industriebetrieb gegründet, die Maschinenbauanstalt Schweffel und Howaldt. Nachdem die Eisenbahnlinie nach Altona fertig war, konnte 1844 der Ostseehafen Kiel schon mit der Elbe und der Nordsee verbunden werden. 1850 wurde in Kiel das erste Unterseeboot der Welt, der Brandtaucher, gebaut.
1864 wurde Schleswig Holstein im Deutsch Dänischen Krieg von Preußen und Österreich erobert und ab da erst einmal auch gemeinsam verwaltet. 1865 wurde die Ostsee Marinestation nach Kiel verlegt, wodurch sich die Stadt schnell zur Großstadt entwickelte. Ein Jahr später ist Kiel nur noch preußisch. 1867 wurde der Norddeutsche Bund gegründet und damit Kiel zum „Kriegshafen“ der Marine des Norddeutschen Bundes. Zudem wurde die Stadt Sitz des Kreises Kiel.
1882 fand zum ersten Mal die berühmte Kieler Woche statt, welches sich über die Zeit hinweg zu einem der größten Volksfeste in Deutschland entwickelte.
1883 wird aus Kiel eine kreisfreie Stadt. In dieser Zeit kommt es auch zu einem raschen Anstieg der Bevölkerung durch den Anstieg des Schiffsbaus. 1895 wurde der Kaiser-Wilhelm Kanal, heute Nord Ostsee Kanal, eröffnet. So wurde Kiel zum Haupthafen der deutschen Kriegsflotte.
1918 kam es zum Kieler Matrosenaufstand, der nicht unbedeutend für das Ende des Ersten Weltkrieges war. In der Folge des Aufstands wurde der erste Arbeiter- und Soldatenrat gebildet und die sogenannte Novemberrevolution begann.
1928 wurde der Zivilflughafen Kiel-Holtenau eröffnet. 1929 mit der Wirtschaftskrise hatten die Nationalsozialisten in Kiel sehr viele Anhänger und so konnte auch die Universität relativ schnell gleichgeschaltet werden. 1936 wurden zum ersten Mal in Kiel die Olympischen Segelwettbewerbe ausgetragen. Da Kiel eine große Bedeutung durch den Kriegshafen zukam, wurde es im Zweiten Weltkrieg zu fast 80% zerstört.
Ab dem Ende des Krieges, 1945, gehörte Kiel zur britischen Besatzungszone. 1946 wurde aus Kiel die Landeshauptstadt von Schleswig Holstein und so trat es 1949 der Bundesrepublik Deutschland bei. Nach dem Krieg erfolgte der Wiederaufbau der Stadt. Von da an entwickelte sich Kiel wieder zum Wirtschafts- und Kulturzentrum.